Zaujímavosti: Za svojho generálneho vikára ho vymenoval pražský arcibiskup. V týchto rokoch sa vzťah medzi arcibiskupom a panovníkom IV. Václava, českým a nemecko-rímskym kráľom, bol veľmi napätý. Kráľov hnev vyvolalo aj to, že Ján Nepomuki, spovedník kráľovnej, odmietol prelomiť spovedné tajomstvo.

Napriek vyhrážkam žiarlivého kráľa neprezradil, že kráľovná, ktorá bola podozrivá z nevery, čo všetko priznala pri spovedi. Nedá sa dokázať, či k poslednej udalosti skutočne došlo. Historici to však prijímajú ako fakt, žeKráľ, Jána Nepomukiho zajal, kruto ho mučil (na mučení sa vraj osobne zúčastnil) a napokon ho zhodil z Karlovho mosta do Vltavy

Arcibiskup uložil Jánovo telo do katedrály svätého Víta v Prahe na večný odpočinok. Správa o jeho mučeníctve sa rýchlo rozšírila, no kanonizovaný bol až o niekoľko storočí neskôr.